Public Syllabus

Learning time distribution

Total
Curriculum	Lecture	Practice	Total Weekly	Lecture	Practice
56	28	28	4	2	2
Exam hours
8
Individual Study	Bibliography study	Field study	Homework	Tutoring	Others
86	32	25	25	4	0
Overall
150

Learning outcomes

Knowledge

(C1) Cunoașterea unor concepte, metode și unelte software utilizate în prelucrarea datelor biologice în bioinformatică
(C2) Familiarizarea cu fluxuri de lucru utilizate în bioinformatică

Skills

(A1) Abilitatea de folosire a instrumentelor informatice în contextul multidisciplinar al bioinformaticii
(A2) Capacitatea de folosire a sistemelor de operare Linux în contextul unui laborator de bioinformatică
(A3) Capacitatea de a instala și utiliza instrumente software și fluxuri de lucru specifice bioinformaticii
(A4) Utilizarea unei platforme web pentru analize de date bioinformatice

Responsibility

(6a03a0962355ae3a04d2f33e) Responsabilitate de acțiune în conformitate cu interesul public; angajament relativ la sănătatea, siguranța și bunăstarea populației;
(6a03a0962355ae3a04d2f33f) Respectarea confidențialității angajatorului și a clienților și protejarea proprietății intelectuale a acestora;
(6a03a0962355ae3a04d2f340) Reprezentarea corectă a nivelului de competență și acceptarea de sarcini în limitele acestuia;
(6a03a0962355ae3a04d2f341) Responsabilitatea de a respecta cele mai înalte standarde profesionale în prelucrarea datelor biomedicale;
(6a03a0962355ae3a04d2f342) Păstrarea autonomiei, integrității și independenței în opiniile profesionale;
(6a03a0962355ae3a04d2f343) Promovarea integrității și reputației profesiei, în concordanță cu interesul public;
(6a03a0962355ae3a04d2f344) Perfecționarea continuă relativ la practicarea profesiei;
(6a03a0962355ae3a04d2f345) Comportament etic, cinstit și colegial în practicarea profesiei.

Online platform

Google Classroom

Course content

Content	Methods	Obs
Introducere în workflow-uri NGS, partea I	Prelegere, exemplificare	2 oreCursurile se vor desfășura online utilizând platformele Google Meet și Google Classroom.
Introducere în workflow-uri NGS, partea a II-a	Prelegere, exemplificare	2 oreCursurile se vor desfășura online utilizând platformele Google Meet și Google Classroom
Instalarea și folosirea pachetelor bioinformatice prin Conda/Mamba și Docker/Singularity	Prelegere, exemplificare	2 oreCursurile se vor desfășura online utilizând platformele Google Meet și Google Classroom
Introducere în utilizarea platformelor bioinformatice nf-core (Nextflow) și Galaxy	Prelegere, exemplificare	2 oreCursurile se vor desfășura online utilizând platformele Google Meet și Google Classroom
Workflow de analize de date NGS: variant calling	Prelegere, exemplificare	2 oreCursurile se vor desfășura online utilizând platformele Google Meet și Google Classroom
Workflow de analize de date NGS: differential gene expression	Prelegere, exemplificare	2 oreCursurile se vor desfășura online utilizând platformele Google Meet și Google Classroom
Analize suplimentare ale rezultatelor workflow-urilor bioinformatice (downstream analysis)	Prelegere, exemplificare	2 oreCursurile se vor desfășura online utilizând platformele Google Meet și Google Classroom

Course bibliography

1. Lin, S., Scholtens, D., & Datta, S. (2022). Bioinformatics Methods: From Omics to Next Generation Sequencing. CRC Press. 2. Kappelmann-Fenzl, M. (Ed.). (2021). Next Generation Sequencing and Data Analysis. Springer. 3. Low, L. W. Y., & Tammi, M. T. (Eds.). (2017). Bioinformatics: A Practical Handbook of Next Generation Sequencing and Its Applications. World Scientific Publishing Co.

Seminar content

Content	Methods	Obs
Introducere în sisteme de operare Linux. Utilizarea liniei de comandă	Problematizare, dialog, colaborare	4 ore (L1-L2)Laboratoarele se vor desfășura online utilizând platformele Google Meet și Google Classroom.
Tipuri de fișiere în bioinformatică. Operații simple din linie de comandă și din interfață grafică	Problematizare, dialog, colaborare	4 ore (L3-L4)Laboratoarele se vor desfășura online utilizând platformele Google Meet și Google Classroom.
Instalarea și utilizarea pachetelor software pentru bioifornatică folosind mediile Conda/Mamba și Docker/Singularity	Problematizare, dialog, colaborare	4 ore (L5-L6)Laboratoarele se vor desfășura online utilizând platformele Google Meet și Google Classroom.
Primii pași în utilizarea nf-core (Nextflow) și Galaxy	Problematizare, dialog, colaborare	4 ore (L7-L8)Laboratoarele se vor desfășura online utilizând platformele Google Meet și Google Classroom.
Workflow de tip „variant calling” în nf-core și Galaxy	Problematizare, dialog, colaborare	4 ore (L9-L10)Laboratoarele se vor desfășura online utilizând platformele Google Meet și Google Classroom.
Workflow de tip „differential gene expression” în nf-core și Galaxy	Problematizare, dialog, colaborare	4 ore (L11-L12)Laboratoarele se vor desfășura online utilizând platformele Google Meet și Google Classroom.
Analize suplimentare ale rezultatelor workflow-urilor bioinformatice (downstream analysis)	Problematizare, dialog, colaborare	4 ore (L13-L14)Laboratoarele se vor desfășura online utilizând platformele Google Meet și Google Classroom.

Seminar bibliography

1. Lin, S., Scholtens, D., & Datta, S. (2022). Bioinformatics Methods: From Omics to Next Generation Sequencing. CRC Press. 2. Kappelmann-Fenzl, M. (Ed.). (2021). Next Generation Sequencing and Data Analysis. Springer. 3. Low, L. W. Y., & Tammi, M. T. (Eds.). (2017). Bioinformatics: A Practical Handbook of Next Generation Sequencing and Its Applications. World Scientific Publishing Co.

Corroboration

Conținutul este în concordanță cu structura cursurilor similare de la alte universități și acoperă aspectele fundamentale necesare familiarizării cu problematica bioinformaticii.

AI tools guidance

(none)

Evaluation and delivery

Activity	Criteria	Methods	Percentage
C	Proiect	Prezentarea rezultatelor	50.0%
S	Evaluare pe parcurs	Evaluarea temelor de pe parcursul semestrului	50.0%

Performance standards

Realizarea unei ponderi de 50% din examenul aferent părții teoretice (curs) Realizarea unei ponderi de 50% la fiecare dintre aferente pății aplicative (laborator)

Additional info